【实例简介】
【实例截图】
【核心代码】
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open misa.pl results file (*.misa) !\n\n");
my $filename = $ARGV[0];
$filename =~ s/\.misa//;
open (SRC,"<$filename") || die ("\nError: Couldn't open source file containing original FASTA sequences !\n\n");
open (OUT,">$filename.p3in");
while (<SRC>){
chomp;
if (/^>(\S )/){
$id=$1;
}else{
$seq{$id}.=$_;
}
}
while(<IN>){
next unless (/(\S )\t(\d )\t\S \t\S \t(\d )\t(\d )\t\d /g);
my ($id,$ssr_nr,$size,$start) = ($1,$2,$3,$4);
$count ;
print OUT "SEQUENCE_ID=$id"."_$ssr_nr\nSEQUENCE_TEMPLATE=$seq{$id}\n";
print OUT "PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-280\n";
print OUT "SEQUENCE_TARGET=",$start-3,",",$size 6,"\n";
print OUT "PRIMER_MAX_END_STABILITY=250\n=\n"
}
print "\n$count records created.\n";
close IN;
close SRC;
close OUT;
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